Potensi sektor kelautan Kabupaten Nunukan adalah rumput laut, yang mana telah dilakukan kajian terhadap rumput laut tersebut.
Dengan memiliki Panjang garis pantai 304,87 KM, luas areal pantai pulau 26.393 Ha, luas areal pantai main land 11.141,98 Ha, jenis masa panen 42 hari, produksi rata-rata 3.000 ton/bulan.
Rumput laut Nunukan saat ini dijual dalam bentuk raw material melalui pengumpul dan dibawa ke eksportir di Makassar dan Surabaya.
Dengan memperhatikan ketersediaan lahan budidaya dan produksi hasil rumput laut maka peluang investasi industri pengolahan rumput laut memiliki prospek yang sangat memungkinkan untuk dikembangkan.
